Sesuai Peraturan BAN PT no 2/2019, Universitas Muhammadiyah Yogyakarta menggunakan instrumen Akreditasi Program Studi (APS) 4.0 sebagai acuan dalam Akreditasi Program Studi. Hal ini dimulai sejak 1 April 2019 dan mengalami beberapa perubahan sehingga versi terakhir diterbitkan pada bulan Oktober 2019 antara lain:
Lampiran 1 PerBAN-PT 5/2019 tentang IAPS: Naskah Akademik
Lampiran 2 PerBAN PT 5/2019 tentang IAPS: Kriteria dan Prosedur
Lampiran 3 PerBAN-PT 5/2019 tentang IAPS: Panduan Penyusunan LED
Lampiran 4 PerBAN-PT 5/2019 tentang IAPS: Panduan Penyusunan LKPS
Lampiran 5 PerBAN-PT 5/2019 tentang IAPS: Pedoman Penilaian
Lampiran 6a PerBAN-PT 5/2019 tentang IAPS: Matriks Penilaian Program Sarjana
Lampiran 6b PerBAN-PT 5/2019 tentang IAPS: Matriks Penilaian Program Magister